朱棣称帝

燕军进入南京后，朱允炆在皇宫放火，朱允炆本人不知所终；此后其下落成为谜团。朱棣入城后，派人找出马皇后的尸体，指认其为朱允炆，并执其手哭“傻小子，何苦如此！”。随后六月二十日，以天子礼葬朱允炆，造成建文帝已死的假象。而朱允炆的下落成为了千古迷题。据传，郑和下西洋的初衷之一便是搜寻建文帝的踪迹。而另一路是胡濙密访江浙一带。

朱棣进入南京之后，翰林院编修杨荣迎于马首，说：“殿下先谒陵乎？先即位乎？”点醒朱棣。次日（建文四年六月十四）起，诸王及文武群臣多次上表劝进，朱棣不允。数日后（六月十七），朱棣谒孝陵，并于当日即皇帝位，是为明太宗（后改为成祖）。重建奉天殿（旧殿被朱允炆所焚），刻玉玺。同年十一月十三日，封王妃徐氏为皇后。

朱棣不承认建文年号，七月初一（一说六月十八），将建文元、二、三、四年改为洪武三十二至三十五年，次年改为永乐元年。凡建文年间贬斥的官员，一律恢复职务（如靖难初期因离间被贬的江阴侯吴高被再次起用，守大同）；建文年间的各项改革一律取消；建文年间制定的各项法律规定，凡与太祖相悖的，一律废除。但一些有利于民生的规定也被废除，如建文二年（1400年）下令减轻洪武年间浙西一带的极重的田赋，至此又变重。

诛杀前臣

朱棣在靖难之役获胜后，向京城（今南京）军民发布公告：“固守封地的藩王因左班奸臣挑唆导致骨肉被其残害，所以不得不起兵诛杀他们，以此来扶持江山社稷和保安亲藩。今次拟定的京城奸臣，有罪者不敢赦免，无罪者不敢诛杀，如若误伤受到牵连又祸及到伤亡，绝非靖难本意。”

建文四年（1402年）六月二十五日，朱棣诛杀齐泰、黄子澄、方孝孺，灭其族。其中方孝孺受牵连而死者共873人，充军等罪者千余人。因黄子澄受牵连的有345人。景清降后密谋行刺，事败，八月十二被杀，灭九族；后屠其家乡，谓“瓜蔓抄”。此外，众多建文旧臣如卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪、铁铉等，史称：“忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气。”他们的家属和亲人也被牵连，死者甚众，流放、作妓女及被方式惩罚的人也不少。直至明仁宗即位后，大部份人始获赦免，余下的人的后代却迟至明神宗时始获赦免。在大肆诛杀之外，当月，朱棣将魏国公徐辉祖下狱，后释放并削其爵位。辉祖死后，其子嗣魏国公爵。黄观被朱棣所嫉恨，其状元的身份被革去。

铁铉，割其鼻耳塞入口中，然后问：“甘否？”铁弦答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”凌迟，灭族。方孝孺惨遭凌迟灭族。但此事出于野史，未见于正史。野史称方孝孺大书“燕贼篡位”，朱棣见他宁死不屈，威胁他说：“你不怕被诛九族吗？”方孝孺义正严辞地斥责说：“即使诛我十族又怎样？”朱棣怒不可遏，于是大肆搜捕方孝孺的亲属，还包括他的门生和朋友（即第十族），在方孝孺面前一一杀害，被杀者共达八百七十三人，而方孝孺则被腰斩于南京聚宝门外。 另外，黄子澄之妹，铁弦之妻， 发送教坊司。